Родился 17 июня 1971 года. Владимир Малинников в 1994 году окончил Нижегородский государственный технический университет, в 2013 году прошел обучение MBA при Институте им. М. И. Сеченова по специальности «менеджмент в здравоохранении».

С 1995 года работал в региональных аптечных сетях в качестве коммерческого директора. В группу «Протек» Малинников пришел в 2005 году на должность управляющего бюджетными продажами региона «Волга». С 2008 года – директор бюджетных продаж.

В 2010 году становится заместителем гендиректора по управлению регионами в аптечной сети «Ригла», розничном дивизионе «Протека». С 2011 года работал директором по регионам уже в дистрибьюторском подразделении ЦВ «Протек». С 2013 года был первым заместителем генерального директора ЦВ «Протек».

В феврале 2020 года перешел на пост директора формата «Магнит Аптека» и генерального директора «Магнит-Фарма».