Алексей Шлюнкин работает в «Яндексе» более двенадцати лет: он возглавлял технологический и продуктовый блок «Яндекс Маркета», был техническим директором «Яндекс Рекламы», руководил инфраструктурой Поиска. С 2 июня 2026 года он был назначен на должность руководителя «Яндекс Маркета».

В 2014 году Алексей Шлюнкин начал работать разработчиком в «Яндексе» — участвовал в редизайне «Яндекс Музыки» и внедрял рекомендательные модели на сервисе. В 2016 года перешел разработчиком в Поиск, где в дальнейшем руководил всей инфраструктурой сервиса. В 2020 году перешел в «Яндекс Рекламу», где через год стал техническим директором сервиса.

В мае 2023 года перешел в «Яндекс Маркет» на роль технического директора сервиса, а в ноябре этого же года стал также директором по продукту Маркета. В 2026 году назначен руководителем «Яндекс Маркета».