Ян Дюннинг родился в 1959 году, Гронинген, Нидерланды. В 1983 году закончил Университет Гронингена (Нидерланды), получил степень по современной истории. В 1989 г. получил степень MBA в Университете Амстердама. Прошел программы повышения квалификации руководителей в INSEAD и Лондонской школе бизнеса.

В ритейле Ян работает с 1989 года. Первая должность – региональный менеджер в компании Aldi Retail в Нидерландах. В 1994–2000 годах бизнесмен работал директором по продажам и развитию Aldi Retail.

В 2000 году Ян Дюннинг стал генеральным директором торговой компании Lucas Klamer, «дочки» Metro Group. В 2003 году он перешел в Metro Cash & Carry Россия на должность директора по продажам, затем стал операционным директором. Недолгое время возглавлял подразделение Metro Cash & Carry Украина.

С 2009 года был генеральным директором «Ленты», в 2013 году стал членом совета директоров компании.

В декабре 2018 года объявил о решении уйти из «Ленты». В январе 2019 года стал президентом компании «Магнит». Также Ян Дюннинг выдвинут в совет директоров ритейлера.

В июне 2019 года стало известно о назначении Яна Дюннинга генеральным директором ПАО «Магнит».